WAWASAN BIOINFORMATIKA NEXT GENERATION SEQUENCING DALAM SAMPEL METAGENOMIK MIKOBIOMA USUS: Review

Abstract

Mikrobiota usus terdiri dari bakteri, fungi dan virus yang memiliki peran penting dalam kesehatan manusia dan patogenesis penyakit. Komunitas bakteri usus telah banyak dipelajari dibandingkan fungi dan virus karena usus didominasi oleh bakteri. Meskipun, keragaman fungi atau mikobiom usus lebih rendah dibandingkan dengan komunitas bakteri, diketahui fungi juga berperan penting dalam penyakit usus manusia. Beberapa penelitian menunjukan keterlibatan fungi pada tumor gastrointestinal dan paru-paru. Diketahui, DNA fungi terkait tumor tersebut dapat berfungsi sebagai biomarker diagnostik atau prognostik. Metode kultur untuk mempelajari komunitas fungi secara komprehensif sulit untuk dilakukan. Next generation sequencing (NGS) merupakan teknik sekuensing yang dapat diterapkan secara luas untuk mempelajari mikrobioma usus. Data NGS dapat dianalisis berdasarkan marker-gene 18S rRNA, internal transcribed spacer (ITS) dan shotgun metagenomik yang membutuhkan wawasan bioinformatik didalam mengoperasikan datanya. Oleh karena itu, pada ulasan ini, dirangkum pipeline bioinformatika yang umum digunakan untuk analisis data mikobioma usus. Penelitian ini menggunakan metode literature review dengan cara mengulas jurnal-jurnal NCBI dan Frontiers sebanyak 65 jurnal dari tahun 2000 sampai dengan 2022. memberikan informasi tentang wawasan bioinformatika dalam analisis metagenomik fungi. Analisis metagenomik fungi berdasarkan amplikon dan shotgun memudahkan peneliti dalam mempelajari taksonomi dan fungsional fungi. Selain itu, juga dapat memprediksi gen atau protein tertentu sehingga dapat berguna untuk mempelajari suatu penyakit.